Lo puedes hacer definiendo una variable globalmente, puedes hacerlo de esta forma:
msf > setg VARIABLE PARAMETRO
Ejemplo:
msf > setg LHOST 10.0.0.1
Con esto te ahorras un monton de tiempo al teclear, si tienes un mismo objetivo siempre, luego simplemente le das unsetg LHOST para quitar la variable globalmente.
msf > unsetg LHOST
Para que la configuración que usas quede almacenada, solo debes usar el comando SAVE, es decir:
msf > save
te guarda la configuración en tu home
Saved configuration to: /root/.msf4/config
Ya con eso no te vuelve a pedir la API KEY de shodan